El modelo de diferenciación sexual identifica al sexo con los órganos sexuales, pero esta creencia no es la única en la que se sustenta; supone además la identidad entre sexo y reproducción.

Al definir la identidad sexual del embrión a partir del desarrollo específico de los órganos sexuales primarios, el modelo deja ver que al sexo se le entiende solamente por el papel que desempeñarán estas estructuras en la procreación. Lo que hay en común en todos estos elementos anatómicos es precisamente eso, que participan en la reprodución.

Pero entender al sexo como equivalente a la generación no surge de los datos de la moderna investigación biomédica, es en realidad una idea antigua que se toma como verdad inapelable. Aunque sus orígenes son inciertos, este concepto tuvo especial fuerza en la Edad Media y se mantiene vivo todavía hoy, a fines del siglo XX, por la Iglesia y grupos sociales afines a ella. El sexo se explica, de acuerdo con esta visión, por una finalidad reproductiva.

Así, en los modelos biológicos parecen coexistir ideas antiguas y modernas. Esta dualidad permite que las más sofisticadas herramientas metodológicas y los experimentos más rigurosos se encuentren al lado de concepciones con orígenes remotos. No sólo eso, las más innovadoras estrategias experimentales que se desarrollan en torno al modelo de diferenciación sexual en el embrión humano, podrían estar actuando como sostén de conceptos de naturaleza extracientífica.