Los atentados contra los obispos fueron un ultimátum del gobierno al EZLN. No habrá respeto a los acuerdos de San Andrés porque el gobierno ha puesto en juego otra opción: la división de las comunidades de la insurrección, metiendo la cola entre la Iglesia y el EZLN. La estrategia del gobierno federal remató en el comunicado del subcomandante Marcos (26 de octubre, 1997), y pese a su trascendencia y la magnitud de la ruptura fue el menos comentado. El silencio que siguió al largo texto de Marcos se hizo más fuerte tras el atentado-mensaje (como lo calificó Carlos Montemayor) perpetrado el 4 de noviembre contra los obispos Samuel Ruiz y Raúl Vera. Aliados y adversarios optaron por andarse por las ramas dejando vía libre a la confusión.

En la lacónica respuesta de los mismos obispos y del nuncio Justo Mullor a Marcos, en la intervención del obispo de Tehuantepec, Arturo Lona, en esta disputa -todos ellos en defensa de la institucionalidad de la Iglesia- se aclara el fondo del enigmático comunicado zapatista interpretado como un rayo en cielo despejado, luego de una prolongada coexistencia pacífica en los territorios de la insurrección indígena entre la fuerza del EZLN y la misión pastoral de la Iglesia.

Ante la imposibilidad de quebrar por dentro al zapatismo en el corto plazo, el gobierno buscó opciones para despedazar la unidad organizativa y política de las comunidades; ya no bastaba la guerra de baja intensidad y la disputa del norte contra el EZLN, sino que le era necesario romper la cohesión interna de los pueblos abriendo la brecha entre los intereses de la Iglesia y las aspiraciones agrarias y federalistas de las naciones indias, representadas por el EZLN. Si una misma realidad los unió, la estrategia del gobierno los dividiría dando un trato diferenciado a ambas fuerzas ante un mismo problema, a fin de romper la base social y unidad estratégica atrincherada en la demanda de respeto a los acuerdos de San Andrés. Al contrario de Girolamo Prigione, que se propuso destruir la presencia local de la Iglesia en el territorio de la insurrección y expulsar a Samuel Ruiz, Justo Mullor, en alianza con el gobierno, se propuso someter a la arquidiócesis de San Cristóbal a la institucionalidad dependiente del Vaticano y tras ella aislar al EZLN.

Marcos abrió el conflicto por arriba, buscando una definición abajo de la arquidiócesis, pero le respondieron todos juntos (nuncio y arquidiocésis) y luego vino el atentado, la metida de la cola del diablo.

¿Cuál es el significado del mensaje a la mitad de la escisión entre Iglesia y zapatismo? Obligó a la dirigencia zapatista y a sus aliados cercanos a replegarse; fortaleció la posición internacional, nacional y local de la Iglesia en el conflicto, y fue un ultimátum para el desarme del EZLN. El gobierno ganó y fortaleció a su interlocutor institucional situándolo de su lado en el conflicto, sin perder su carácter de mediador, lo cual significa ya una división entre religiosos y civiles dentro de la Conai, que en su comunicado Marcos revela como la operación Basílica con la complicidad del organismo mediador durante la visita de los mil 111 zapatistas a la ciudad de México.

Quien convence sobre la naturaleza del conflicto no es Marcos (quien separó a la alta jerarquía de la arquidiócesis de San Cristóbal), sino la respuesta en ``unidad eclesial'' tanto de los obispos de Chiapas como de Arturo Lona y del nuncio en la misma dirección y rechazo. Los obispos, entre ellos Samuel Ruiz, salieron en defensa de la Iglesia y caracterizaron las declaraciones de Marcos como ``dolosas y equívocas''; el obispo de Tehuantepec también respaldó a la Iglesia y dejó entrever el contenido de las pretensiones de ésta ante una nueva reforma al 130, que permitiría a sus miembros ser electos para diputados y senadores, al mismo tiempo que se le ``salía del corazón'' el subcomandante Marcos por las declaraciónes ``ingratas'' contra la Iglesia (Proceso 1097, 9/11/97). Es decir, Lona y los obispos asumieron desde abajo contra ellos los señalamientos en agravio de la alta jerarquía católica, y en particular del nuncio Mullor, defendiendo la unidad de la Iglesia y deslindando sus propios intereses del EZLN.