Las tensiones religiosas, lejos de ser la causa del problema chiapaneco, son el reflejo de una larga descomposición social y de la conflictividad, no sólo en Chiapas sino de México consigo mismo. Es decir, el factor religioso en gran medida expresa y espejea la realidad donde se inserta. Los conflictos que son una forma de interacción y de convivencia social, por su intensidad y extensión, influyen en las diversas instituciones sociales. Tal es el caso del conflicto chiapaneco que ha trastornado indudablemente los entramados religiosos tanto de la zona como también al interior de la institución católica, en particular en la conferencia episcopal. Los obispos reunidos en esta 64 asamblea tienen como principal reto definir su posición, no sólo frente a Chiapas, sino particularmente ante el obispo de San Cristóbal de las Casas, Samuel Ruiz, quien desde hace dos meses sufre una suerte de persecución y de desprestigio.
Como toda estructura, la Iglesia católica refleja las diferencias sociales, las hace suyas y las procesa conforme a su propia identidad, práctica y tradición. Las crisis, las disputas y las coyunturas humeantes las suma a sus discrepancias internas. Ante la circunstancia actual, la Conferencia Episcopal experimenta la definición de sus nuevos e internos liderazgos, los formales y los reales; digamos que aún no se ha superado la fase postprigionista, ya que en torno del anterior nuncio los obispos se ordenaban a favor o en contra. Los liderazgos episcopales que no acaban de asentarse, ante conflictos candentes como el chiapaneco, las campañas persecutorias a su obispo Samuel Ruiz, afloran desconciertos internos especialmente cuando los prelados encaran a los medios y se ven obligados a pronunciarse con claridad. Aún se percibe un cierto desorden.
Resulta muy evidente, a pesar de disimulos, el cuestionamiento ideológico y político sobre el desempeño de Samuel Ruiz de los cardenales Sandoval Iñiguez y Norberto Rivera; a éste se suman los obispos Onésimo Cepeda, Emilio Berlie y Reynoso de Cuernavaca sin olvidar, por supuesto, a monseñor Javier Lozano Barragán que desde Roma debe estar haciendo eficientes lobbies. Sin embargo, ante la opinión pública esta postura resulta ambigua y, por más que traten de ocultar con buenas formas y reiterados ``apoyos al pastor'' distinguiéndolo del mediador político, son manifiestas las discrepancias frente a las formas y a los contenidos que Samuel Ruiz ha impulsado, particularmente en los últimos cinco años. Por otra parte, encontramos a obispos como el presidente y al ex presidente de la propia CEM, que representan a un buen número de prelados que abogan por apoyar tanto a la persona como a la función mediadora que Ruiz ha desempeñado. Frente a este abanico de posturas, resulta sintomática la actitud del nuncio que aspira a mediar las discrepancias internas; Justo Mullor apoya a la persona de Samuel Ruiz y solicita a los obispos incorporarse físicamente a las labores de la Conai para fortalecerla con voces alternas.
La conferencia de prensa expresada el 21 de abril apuntaría a que la postura de los duros se va imponiendo. Hay que reconocer igualmente que esta posición no goza de la simpatía de importantes sectores del clero, para muestra está la carta firmada por cerca del 10 por ciento de los sacerdotes de la Arquidiócesis de México en la que cuestionan los contenidos de un editorial del semanario Nuevo Criterio pero que en realidad el interlocutor de fondo es el propio cardenal Rivera. Este porcentaje es menos relevante ante la representatividad de los sacerdotes firmantes. En la carta se apoya a Samuel Ruiz y se demanda solidaridad eclesiástica, llaman al conjunto de la iglesia para que esta atmósfera de acoso y clima de linchamiento a la figura de Samuel Ruiz, sean frenados.
Los obispos tienen aquí una disyuntiva importante; en términos corporativos están obligados a apoyar a Samuel Ruiz aunque no coincidan con él; de no hacerlo, exponen no a uno sino a dos prelados, Raúl Vera; hay que recordar la sombra del caso Posadas. Sin embargo han optado, al parecer, por proponer conformar una mediación episcopal más amplia, alterna a la Conai, sabiendo de antemano las reticencias del EZLN. En los hechos esta postura se fragiliza y expone a los obispos de San Cristóbal; los riesgos no sabemos hasta qué medida han sido sopesados por este sector episcopal que comienza a gravitar y conformarse como un núcleo decisorio.