El recién nombrado director de Asuntos Internos de la Secretaría de Seguridad Pública del Distrito Federal, Francisco Arellano Noblecía, ha sido, entre otras cosas, culpado en octubre de 1975 por su presunta participación, cuando era jefe de la policía judicial, en el desalojo violento de 400 campesinos del ejido de San Ignacio Río Muerto, en Sonora, el cual dejó siete ejecutados, algunos de ellos con el tiro de gracia. Sobrevivientes y familiares de los fallecidos de aquel desalojo, arribaron en 2001 a la Cámara de Diputados para exigir justicia por los hechos ocurridos.

En 2000, como coordinador de las Fuerzas Federales de Apoyo de la Policía Federal Preventiva (PFP), organizó el operativo en la Preparatoria 3 y Ciudad Universitaria que puso fin a la huelga que duró 11 meses, en el que se detuvo a varios estudiantes.

Durante la realización del Foro Económico de Cancún, en 2001, coordinó el operativo contra los altermundistas, con saldo de 55 detenidos y 12 heridos, y aunque el general Arellano negó que la PFP participó en las agresiones, reporteros gráficos de varios medios informativos y estudiantes golpeados presentaron una denuncia la cual quedó asentada por el Ministerio Público en la averiguación previa 285/200.

En septiembre de 2004, la extinta La Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado determinó no ejercitar acción penal en su contra, como presunto responsable de las muertes de los campesinos, al dar a conocer que en la averiguación previa correspondiente se notificó el no ejercicio de la acción penal contra Francisco Arellano.

Manuel Mondragón y Kalb dijo que Arellano es un hombre serio, honrado, de gran experiencia y con los pantalones muy bien fajados.