En 1994 la banca entró a financiar a Mexicana de Aviación con aproximadamente 510 millones de dólares, cantidad a la que ascendían sus deudas. Entonces la empresa debía 150 millones de dólares a Aeropuertos y Servicios Auxiliares (ASA), 150 millones más a cinco bancos, 87 millones al grupo Falcón y 120 millones a diversos acreedores.

Durante casi una década Mexicana de Aviación formó parte de Cintra, controladora impulsada por el ex secretario de Energía Ernesto Martens, para capitalizar a las dos aerolíneas más importantes del país.

El Instituto de Protección al Ahorro Bancario rescató la participación de Cintra en Serfin e Invermex como condición para que Santander comprara Serfin.

Bajo el argumento de que tener en Cintra a Mexicana y Aeroméxico representaba una práctica monopólica, la Comisión Federal de Competencia recomendó vender por separado las aerolíneas.

Desde que nació la idea de comercializarlas se cuestionó la conveniencia de hacerlo por separado. Tiempo después se supo que durante una reunión de la Junta de Gobierno del IPAB, el vocal Adalberto Palma advirtió que la decisión de separar a Mexicana y Aeroméxico atentaba contra el mandato de ley, porque implicaba un bajo valor de recuperación del costo original de ambas empresas.

En diciembre de 2005 el consejo de administración de Cintra cerró la venta de Mexicana de Aviación por 165.5 millones de dólares al grupo de inversionistas encabezado por Gastón Azcárraga, presidente de Grupo Posadas.

El monto de la venta provocó malestar entre los inversionistas y dudas entre empresarios, legisladores y especialistas, porque consideraron que no hubo claridad en el proceso. Incluso se habló de que el Banco Bilbao Vizcaya-Bancomer hizo uso indebido de información confidencial que afectó la venta.

En 2005 la tenencia accionaria de Cintra correspondía en 60.2 por ciento al gobierno mexicano; de ese porcentaje, 46.5 por ciento estaba en manos del IPAB, 10.2 de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y 3.5 lo controlaba Nacional Financiera. Bancomer tenía 13.5 por ciento, Banamex 9.7, Scottiabank 6.2 y en el mercado estaban 10.4 por ciento de acciones.

Casi un año después de la venta Gastón Azcárraga declaró que la empresa podría quebrar si no lograba reducir sus costos de operación al menos 25 por ciento.

Hace un par de meses la empresa buscó obtener un nuevo crédito del Banco Nacional de Comercio Exterior, el cual le fue denegado.

Manuel Borja, director de Mexicana, dijo que los pasivos importantes de la empresa son los que tiene con Bancomext, por 900 millones de pesos, y Banorte, mil 500 millones. Se reservó dar detalles sobre el resto de las deudas de la empresa y la identidad de sus acreedores.