Apenas un año y 10 meses duró Juan Molinar Horcasitas como segundo titular del sexenio en la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT), adonde llegó en sustitución de Luis Téllez Kuenzler.

La gestión de Molinar quedó marcada por la controvertida licitación 21, con la que otorgó a Nextel –originalmente en alianza con Televisa– la explotación de 30 megahercios (Mhz) del espectro radioeléctrico para ofrecer servicios móviles de tercera generación en la frecuencia 1.7 gigahercios, por la ganga de 180.3 millones de pesos, además de la quiebra de Mexicana, la principal aerolínea del país, así como atrasos y subejercicios en los proyectos de infraestructura.

Molinar Horcasitas desoyó en todo momento los reclamos, críticas y acusaciones de consultores en telecomunicaciones, legisladores de oposición e investigadores para que detuviera o modificara el proceso de la licitación 21, ya que según sostuvieron causaría daño patrimonial a la nación y fue diseñado para beneficiar a la entonces sociedad de Nextel con Televisa, pues las reglas y requisitos dejaron fuera a otras empresas.

Tampoco hizo caso a las más de 70 solicitudes de amparo, suspensiones y medidas precautorias que interpuso Grupo Salinas contra dicho proceso y entregó el título de concesión a Nextel con el argumento de no haber recibido a tiempo alguna notificación judicial que le impidiera hacerlo.

Fue acusado también de vulnerar la autonomía de la Comisión Federal de Telecomunicaciones (Cofetel) al lograr que Mony de Swaan, quien era su asesor, fuera nombrado consejero del organismo regulador y posteriormente presidente del mismo.

A Molinar lo siguieron hasta la SCT acusaciones por su cargo anterior como director del IMSS, ya que no hubo comparecencia ante el Poder Legislativo en la que no se recordara su probable responsabilidad en el incendio de la guardería ABC, en Sonora, en el que perecieron 40 niños.