Desde el comienzo del gobierno de Felipe Calderón, la Procuraduría General de la República es la institución que más se ha resistido a transparentar la información pública y es la que más ha recurrido las resoluciones del Ifai. Entre la información sobre la que mantiene la opacidad, sobresale la relacionada con la investigación del financiamiento de la campaña de Vicente Fox; los peritajes y todo lo relacionado con el accidente de avión en que perdió la vida el entonces secretario de Gobernación, Juan Camilo Mouriño; estadísticas sobre lavado de dinero y los exámenes de confianza realizados a los mandos altos y medios de la institución.

Un argumento constante de la PGR para justificar su opacidad es que la información está relacionada con el narcotráfico, pero no todo tiene nada que ver con eso. El argumento queda en entredicho si se considera que, por ejemplo, el Ejército y la Marina en general entregan información sin reticencias.

El caso más conflictivo entre el Ifai y la PGR data de mayo de 2007, cuando un ciudadano solicitó copia de las averiguaciones previas contra Rosario Robles Berlanga, ex jefa del Gobierno del Distrito Federal. La PGR respondió que se trataba de un expediente que contenía información de carácter personal. El solicitante interpuso un recurso de revisión ante el Ifai, que a su vez pidió a la PGR entregar la información. La Procuraduría acudió al Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, que falló en contra del Ifai.

La acción sentaba un antecedente gravísimo que de facto otorgaba facultades al tribunal para revisar las resoluciones del Ifai, con lo cual se afectaban las garantías jurídicas del derecho de acceso a la información.