Durante el gobierno del presidente Felipe Calderón se han interpuesto 6 mil 250 quejas contra elementos del Ejército y de la Fuerza Aérea ante la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, pero este organismo sólo ha emitido 99 recomendaciones a la Secretaría de a la Defensa Nacional, según informes de la dependencia. En los pasados seis años la Procuraduría General de Justicia Militar ha consignado 38 averiguaciones previas ante jueces castrenses, de las cuales 29 han concluido con sentencias condenatorias.

De acuerdo con datos de la Sedena, 259 elementos castrenses se encuentran actualmente sujetos a investigación penal por las autoridades de la procuraduría militar. De esos casos 28 por ciento están relacionados con la delincuencia organizada. Fundamentalmente son asuntos en los que algún elemento de tropa u oficial del Ejército brindaban información a grupos criminales para alertarlos de la realización de operativos antidrogas.

La mayoría de los casos en que soldados han sido sentenciados corresponden a actos de indisciplina militar, como desobediencia o falta de respeto a alguna autoridad superior.

El Código de Justicia Militar ordena, por ejemplo, que los efectivos que falten al respeto a sus superiores se harán acreedores a una sanción de un año y seis meses de prisión