En seis años de gobierno de Felipe Calderón y de su guerra contra los grupos de la droga las organizaciones criminales se multiplicaron; el mapa criminal se modificó y desde hace dos años la violencia no sólo se da entre los cárteles que controlan 80 por ciento del territorio y que se conocen como de Sinaloa y Los Zetas, grupos considerados emergentes como el cártel de Jalisco Nueva Generación, el cártel Independiente de Acapulco y La Resistencia, participan en la disputa por la producción y distribución de drogas sintéticas y de cocaína al menudeo en zonas de Jalisco, Colima, Nayarit, Guerrero, Quintana Roo, Michoacán, el Distrito Federal y la zona conurbada a la ciudad de México, revelaron funcionarios del Gabinete de Seguridad Nacional.

Desde 2006, los grupos criminales comenzaron a asociarse, no motivados por la persecución oficial o la captura de sus líderes, sino por la amenaza que representaba el crecimiento del cártel de Sinaloa a cuatro años de la evasión de El Chapo del penal federal de Puente Grande, y en algunos casos como el de la organización de los hermanos Arellano Félix, que en la mejor de sus etapas llegó a tener presencia en 15 entidades y era la segunda organización más poderosa.

El territorio mexicano estaba aparentemente repartido, la organización Carrillo Fuentes o cártel de Juárez, operaba en 17 estados; el cártel de Sinaloa encabezado por Joaquín El Chapo Guzmán Loera, con Juan José Esparragoza Moreno, El Azul, e Ismael El Mayo Zambada, en sus filas, rápidamente se posicionó en 12 estados; el cártel del Golfo, con Osiel Cárdenas al frente –pese a que está preso– operaba en 10 entidades, y Los Zetas continuaban como brazo armado de la organización. Los Valencia o cártel del Milenio –que luego se dividieron para dar paso a La Familia Michoacana, Los Caballeros Templarios y La Resistencia– mantenían centros de operación en cuatro estados.

Con el avance de posiciones del cártel de Sinaloa, los cárteles de los hermanos Amezcua Contreras, Díaz Parada y Valencia, se convirtieron en organizaciones menores y en algunos casos desaparecieron.

Tras la extradición de Osiel Cárdenas Guillén a Estados Unidos, en enero de 2007, Sinaloa pretendió apoderarse de Nuevo León y Tamaulipas. Los Zetas se convirtieron en una organización independiente aunque asociada al cártel del Golfo, que actualmente está sin líder visible; Antonio Ezequiel Cárdenas, Tony Tormenta, fue abatido a tiros por efectivos de la Secretaría de Marina en 2010; Mario Cárdenas Guillén, capturado el 4 de septiembre de este año; una semana después fue aprehendido Jorge Costilla Sánchez, El Coss, tercero en importancia en la organización.

En 2008 fue detenido Alfredo Beltrán Leyva, El Mochomo. Su captura originó una ruptura en el cártel de Sinaloa, y los hermanos Héctor y Arturo Beltrán Leyva que habían servido como jefes de sicarios, crearon su propio grupo. En diciembre de 2009 en la ciudad de Cuernavaca, Morelos, fuerzas federales abatieron a tiros a Arturo Beltrán, El Barbas. El cártel de los Beltrán Leyva se dividió: surgió el cártel Independiente de Acapulco, encabezado por Édgar Valdez Villarreal. También cambió de nombre, y ahora es identificado por el gobierno federal como cártel del Pacífico Sur.

En julio de 2010 miembros de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) abatieron a Ignacio Coronel Villarreal, uno de los líderes del cártel de Sinaloa. Supuestamente una delación surgida desde su propio grupo permitió localizarlo, y con ello la organización se dividió, dando origen al cártel de Jalisco Nueva Generación y La Resistencia.

Desde 2011, la Siedo ha establecido que los cárteles de Los Zetas y Sinaloa controlan 80 de las rutas y distribución de droga en México. Están tanto en las entidades que limitan con el océano Pacífico como en el golfo de México. También controlan municipios fronterizos con Estados Unidos y en territorios que son la puerta de acceso a cargamentos de cocaína y precursores químicos procedentes de Centroamerica.

El grupo que dirigen El Chapo Guzmán, El Mayo Zambada y El Azul controla desde Baja California hasta las costas de Jalisco y Oaxaca. También opera en Morelos y Puebla y comparten territorios en Quintana Roo y Chiapas. Se ha detectado su presencia en algunas naciones de Centro y Sudamérica.

Los Arellano Félix ya sólo operan en parte de Sinaloa, Baja California Sur y Baja California. En todas sus zonas comparten o pagan derecho de piso por utilizar territorio del cártel de Sinaloa.

El cártel de Juárez, según la Siedo, tiene zonas de operación en Chihuahua (Ciudad Juárez es uno de sus bastiones), Sonora, Quintana Roo, Durango y Coahuila.

Los Beltrán Leyva poseen células en Sinaloa, Durango, Coahuila, Nayarit, Colima, Guerrero, Morelos, estado de México y en zonas limítrofes de Guerrero con Michoacán y el Distrito Federal.

El cártel del Golfo centra su presencia y actividades en Nuevo León y Tamaulipas.

Los Caballeros Templarios operan en el Distrito Federal y en los estados de México, Michoacán, Jalisco y Morelos.