En el sexenio de Felipe Calderón la intolerancia y discriminación religiosa experimentó un repunte. La organización A favor de la libertad religiosa, la cual se especializa en la documentación y defensa en estos casos, identificó más de 260 agresiones en contra de cristianos evangélicos.

Aparte, la Confraternidad Nacional de Iglesias Cristianas Evangélicas (Confraternice) coincidió en que durante la administración pasada los casos de intolerancia no se atendieron y agregó que incluso desde la misma Secretaría de Gobernación, a través de su Dirección General de Asociaciones Religiosas, se realizaron actos de intolerancia religiosa por medio de la aplicación de criterios fuera de la ley para impedir el registro de iglesias cristianas.

Arturo Farela, presidente de la Confraternice, señaló en entrevista que Paulo Tort, ex titular de dicha dirección dependiente de la Subsecretaría de Población, Migración y Asuntos Religiosos, inició estos actos y se convirtió en un perseguidor de nuestras iglesias; por ello interpusimos seis quejas en su contra, las que no procedieron. Ante esta circunstancia solicitó a los nuevos titulares de Gobernación, Miguel Ángel Osorio Chong, y a la subsecretaria de Población, Paloma Guillén Vicente, pongan orden en esa dirección y designen como titular a alguien perito en la materia.