Los toma de la rectoría durante 12 días afectó labores fundamentales de la UNAM, como el proceso de registro del pase reglamentado a licenciatura para alumnos regulares del bachillerato, el registro de calificación de los estudiantes y el proceso del examen de admisión a nivel superior.

También se afectó el pago a proveedores y de nóminas atrasadas a trabajadores y académicos, el funcionamiento de las comisiones del Consejo Universitario y de diversos comités académicos administrativos, la gestión y operación del presupuesto, el manejo de distintos programas de becas y servicio social, y la tramitación de asuntos jurídicos y recursos legales en los que la UNAM tiene interés, entre otras.

El conflicto no detuvo las actividades sustantivas de la institución: docencia, investigación y difusión de la cultura.

Trascendió que en el primer nivel del edificio se encontraron destrozos y faltan documentos, archivos, guías de estudio y algunas medallas. Además de que fueron dañadas varias cajas con libros.