La Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) omitió en el tercer Informe de gobierno la anulación del fallo del tren de alta velocidad México-Querétaro y la cancelación de este proyecto. En el apartado correspondiente al transporte ferroviario, la dependencia se refirió a la continuación de 12 proyectos ferroviarios y de movilidad urbana, entre ellos el tren eléctrico de Guadalajara, o el tren intermodal México-Toluca, en los que se invertirán 62 mil millones de pesos, y en los cuales hasta agosto de 2015 se habían erogado 8 mil 711 millones de pesos. Asimismo detalló que durante esta administración se han invertido 22 mil millones de pesos en recursos público-privados, para el desarrollo de transporte ferroviario de carga,lo que ha permitido un crecimiento de 8.3 por ciento de carga movilizada. Sin embargo la dependencia no se refirió al tren de alta velocidad México-Querétaro, adjudicado al consorcio integrado por China Railway Construction Corporation; Teya, constructora de Grupo Higa; GIA+A y Prodemex. El contrato se anuló tras el escándalo de la Casa Blanca que la esposa del presidente de México adquirió a Juan Armando Hinojosa, propietario de Grupo Higa.