Algunas de las empresas invitadas por el gobierno federal para participar en la construcción de la refinería en Dos Bocas, Paraíso, Tabasco, han estado envueltas en la controversia.

El nombre de Bechtel ha sido vinculado a diversas acusaciones de tipo ambiental y de conflictos sociales. En 1999, la empresa estadunidense firmó un contrato con el entonces presidente electo de Bolivia, Hugo Bánzer, para privatizar el servicio de suministro de agua a Cochabamba, la tercera ciudad más importante de ese país, y cuya acción generó protestas sociales un año después.

La también estadunidense KBR es la unión de MW Kellog y Brown&Root, que antes habían formado parte del consorcio Halliburton, envuelto en escándalos relacionados con la guerra en Irak. MW Kellogg fue adquirida por Dresser Industries, que se fusionó con Halliburton en 1998, mientras en 1962 Brown & Root fue adquirida por Halliburton.

En 2013, Pemex Refinación adjudicó a Technip un contrato para modernizar una de las unidades de conversión de la refinería en Cadereyta, Nuevo León. La adjudicación se realizó en conjunto con la mexicana Construcciones Industriales Tapia.