La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) le dio a la Presidencia un plazo de tres días para que presente copia del acuerdo o determinación oficial que confirme el carácter del Tren Maya como proyecto de seguridad nacional, esto para tramitar un recurso promovido por el Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales (INAI).

A finales de 2021, el organismo promovió la controversia constitucional 217/2021, en contra del acuerdo presidencial que clasificó como asuntos de seguridad nacional los proyectos de infraestructura prioritarios, con la finalidad de abreviar los trámites para su ejecución.

La controversia fue admitida a trámite por el ministro Juan Luis González Alcántara Carrancá, quien otorgó al INAI la suspensión, medida cautelar que éste considera fue violada, por lo cual promovió el recurso que dio origen al emplazamiento para que el Ejecutivo entregue la información solicitada.