–En abril de 1997 La Jornada reveló los abusos sexuales de Marcial Maciel contra seminaristas de entre 12 y 17 años de edad. Los testimonios expresados a este diario por varias de las víctimas señalaban que el clérigo cometió actos de pederastia por varias décadas.

–Ocho ex legionarios de Cristo denunciaron las vejaciones a que los sometió Maciel: Félix Alarcón Hoyos, José de Jesús Barba Martín, Saúl Barrales Arellano, Alejandro Espinosa Alcalá, Arturo Jurado Guzmán, Fernando Pérez Olvera, José Antonio Pérez Olvera y Juan José Vaca Rodríguez.

–Ante estas denuncias, en mayo de 1997 Norberto Rivera Carrera, arzobispo primado de México, declaró a la prensa que las acusaciones eran totalmente falsas e inventos. En ese entonces la arquidiócesis aseguró que la información publicada en La Jornada correspondía a un pago hecho por los difamadores de la Iglesia.

–El entonces nuncio apostólico en México, Girolamo Prigione, manifestó que las denuncias de abuso sexual de sacerdotes, incluidos los señalamientos contra Maciel, debían basarse en la búsqueda de la verdad.

–En 2004, la Congregación de la Doctrina de la Fe inició una investigación. El 19 de mayo de 2006 anunció la imposición de sanciones canónicas graves al sacerdote, y aunque declinó seguir un proceso eclesial en su contra, por su edad avanzada y estado de salud, lo invitó a llevar una vida reservada de oración y penitencia, renunciando al ministerio.

–El Vaticano anunció, en marzo de 2009, que realizaría una auditoría (visita apostólica) a la congregación, que comenzó formalmente en julio de ese año y concluyó a mediados de marzo de 2010. Los resultados y medidas que se adoptarán con la legión se darán a conocer en unos meses.

–El 3 de marzo pasado, la familia que formó Maciel en México reveló que el clérigo también abusó de sus hijos Omar y José Raúl González Lara; precisó que Maciel los mantuvo engañados respecto de su ministerio. En enero de 2009 se supo que el sacerdote tuvo otra hija, Norma Hilda Rivas Baños.