El 2 de julio de 2010 personas que vestían uniformes de la Policía Federal, con el rostro cubierto y cargando armas largas, ingresaron al refugio, y sin orden federal, intentaron llevarse por la fuerza a los migrantes que se encontraban allí. Ante esto la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) solicitó a la Secretaría de Seguridad Pública federal la aplicación de medidas cautelares para quienes atienden el refugio.

El 3 de febrero pasado Anmistía Internacional dio a conocer que se recibieron amenazas de quemar el albergue y matar a los migrantes que en él se encontraran, así como asesinar como a un perro a Guadalupe Calzada, quien dirige el refugio. AI indicó en que el 30 de enero pasado un guatemalteco dijo a Calzada que tuviera cuidado porque había planes de que en un plazo de tres días sería incendiado el albergue. Se considera que dicha advertencia provino de bandas de traficantes de personas que consideran que el respaldo que da el refugio a los migrantes va en contra de sus intereses delictivos.