En abril de 2005, el colegio académico de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM) aprobó por unanimidad la creación de su cuarta unidad en Cuajimalpa, año en que empezó gestiones jurídicas para defender los derechos por el terreno El Escorpión, predio que tenía problemas de uso de suelo y por el cual inició un juicio de litigio porque apareció un particular que se decía dueño.

En mayo de ese año se designó a Magdalena Fresán primera rectora de la unidad y se aprobaron planes de estudio para las primeras cinco licenciaturas. Entonces, 203 estudiantes de primer ingreso iniciaban actividades académicas en la Universidad Iberoamericana (Uia), la cual, el 19 de septiembre de ese año permitió que se usaran sus instalaciones.

En 2006, la junta de gobierno del Conacyt otorgó en comodato a la UAM un inmueble ubicado en avenida Constituyentes 1054. También se incorpora a esa unidad el doctorado en ciencias biológicas y se aprobaron cuatro licenciaturas más.

En 2007, el gobierno de la ciudad de México actualizó el convenio de donación de El Escorpión y en 2008 la Asamblea Legislativa del Distrito Federal aprueba un decreto que modifica el programa parcial de desarrollo urbano de esa zona de Santa Fe, lo cual posibilitó la construcción del campus de la unidad Cuajimalpa.

En 2008 se asignó al arquitecto Pedro Ramírez Vázquez la realización del proyecto conceptual y del plan maestro de la unidad, para un año después iniciar las obras de excavación en ese terreno, hoy constituido en una torre de 95 mil metros cuadrados que por primera vez congregará a la comunidad académica y estudiantil, hasta ahora distribuida en tres edificios de diversas zonas de la ciudad.