Como parte de las estrategias que han emprendido las recientes administraciones federales para enfrentar, hasta ahora sin éxito, la inseguridad, en lo que va del siglo la estructura operativa de las corporaciones de seguridad ha tenido cambios recurrentes en la tarea de los gobiernos de Vicente Fox, Felipe Calderón y Enrique Peña por mejorar su desempeño.

Creada en 1999 por el entonces presidente Ernesto Zedillo, la Policía Federal Preventiva, originalmente dependiente de la Secretaría de Gobernación, modificó su estructura y asignación al crearse la Secretaría de Seguridad Pública (SSP) federal (hoy desaparecida). Desde su origen motivó la desaparición de la otrora Policía Federal de Caminos, al tiempo que en la Procuraduría General de la República desaparecería la Policía Judicial Federal, creándose la Agencia Federal de Investigación (AFI).

En el sexenio calderonista se pretendió fortalecer la SSP con Genaro Garcías Luna, al tiempo que se reduciría la presencia de la AFI.

Sin embargo, con el retorno del PRI a la Presidencia, hubo nuevos cambios en la estructura y desapareció a la SSP creada y sostenida durante las dos administraciones panistas para conformar ahora la Comisión Nacional de Seguridad, dependiente de la Secretaría de Gobernación.